1、運(yùn)行速度：在熒光定量PCR儀的眾多技術(shù)參數(shù)中，升降溫速度也是廠家喜歡大力宣傳的指標(biāo)。更快的升降溫，可以縮短反應(yīng)進(jìn)行的時(shí)間，而且縮短了可能的非特異性結(jié)合、反應(yīng)的時(shí)間，提高PCR的特異性。為了更好的完成實(shí)驗(yàn)，各個(gè)廠家紛紛推出能快速運(yùn)行的熒光定量PCR儀。例如ROCHE推出的Lightcycler2.0利用空氣動力學(xué)原理，可在半小時(shí)左右完成30-40個(gè)循環(huán)。ABI的7500可以選配FAST模塊擁有5°C/秒的升降溫速度，可在40分鐘左右完成30-40個(gè)循環(huán)。較為近eppendorf新推出的Mastercycler ep realplex4S 和2S的銀質(zhì)模塊熒光定量PCR儀 ，升降溫的速度可達(dá)到6℃/秒和4.5/秒，是目前同類產(chǎn)品中升降溫速度較為快的熒光定量PCR 儀。一個(gè)在其他儀器上原本需要40—60分鐘的PCR反應(yīng)，eppendorf Mastercycler ep realplex4S 和2S (銀質(zhì)模塊)只需運(yùn)行28分鐘——別小看這節(jié)約下來的幾十分鐘，一天下來就可以多運(yùn)行好幾輪了。

2、硬件設(shè)計(jì)特點(diǎn)：熒光定量PCR儀主要有傳統(tǒng)的96孔板式、創(chuàng)新的離心式等，每種設(shè)計(jì)都有它的獨(dú)到之處但也都有無法避免的缺憾。傳統(tǒng)的96孔板的熒光定量PCR可以容納的樣本量大，而且無需特殊的耗材。有些傳統(tǒng)的96孔板的儀器采用鹵鎢燈激發(fā)、CCD檢測，這些光學(xué)結(jié)構(gòu)在96孔板的頂部，每個(gè)樣品孔距光源和檢測器的光程各不相同——邊緣效應(yīng)，對結(jié)果產(chǎn)生影響。為了保證、準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，這類儀器在實(shí)驗(yàn)過程中通常會使用ROX（一種熒光染料）或的Reference dye作為參照校正實(shí)驗(yàn)結(jié)果。鹵鎢燈的使用壽命短、更換成本較高已經(jīng)成為很多用戶頭痛的問題。在實(shí)驗(yàn)過程中鹵鎢燈作為一種熱光源，產(chǎn)生較多熱能對實(shí)驗(yàn)結(jié)果有一定的影響。CCD較為大的優(yōu)點(diǎn)就是可以同時(shí)掃描所有樣品中的熒光信號，但是靈敏度較低，而且同時(shí)檢測樣品間的熒光信號存在干擾。像ABI、Bio-rad 公司生產(chǎn)的熒光定量PCR就屬于這一種。但Bio-rad的IQ系列熒光定量PCR帶有梯度功能。創(chuàng)新的離心式的儀器通常選用LED激發(fā)、PMT檢測，離心式的設(shè)計(jì)上避免了邊緣效應(yīng)。LED光源是冷光源對實(shí)驗(yàn)沒有影響，因此無需采用其他熒光染料校正儀器，而且使用壽命長無需經(jīng)常更換。PMT每次只能收集單個(gè)熒光信號，但是檢測靈敏度高。但這類儀器運(yùn)行速度非?？?，但也存在樣本量小、耗材昂貴、沒有梯度功能、存在時(shí)間積分等缺點(diǎn)。Corbett 的Rotor-gene系列和Roche 的Lightcycler系列均為這一類儀器。     隨著熒光定量PCR技術(shù)的使用，聰明的儀器生產(chǎn)商紛紛在傳統(tǒng)的96孔板儀器上大作改進(jìn)。首先是Stratagene的Mx3000p在檢測上突破了使用CCD改用PMT檢測熒光信號，大大提高了實(shí)驗(yàn)的靈敏度，但激發(fā)光源仍然沿用傳統(tǒng)的鹵鎢燈并且沒有梯度功能。Eppendorf 公司推出的Mastercycler ep realplex是一款帶有梯度功能的熒光定量PCR儀，使用了96個(gè)LED為激發(fā)光源，采用**的CPM（第二代PMT）及96合一光纖為檢測系統(tǒng)，不但避免了邊緣效應(yīng)還保證所有樣品間的熒光信號沒有干擾。

3、儀器的檢測通量：在購買定量PCR儀的時(shí)候要根據(jù)實(shí)驗(yàn)實(shí)的需要來選擇不同通量的儀器。目前市面上的熒光定量PCR的檢測通量小到16個(gè)多到384個(gè)。如果進(jìn)行一般的基因表達(dá)研究或病原體檢測，實(shí)在不必購買昂貴的儀器，96孔的通量足夠用；需要尋找要新藥靶點(diǎn)和疾病標(biāo)記的實(shí)驗(yàn)室可以考慮購買384孔板的儀器。假如經(jīng)費(fèi)有限無法購買384孔板儀器的實(shí)驗(yàn)室，可以考慮購買運(yùn)行速度快（帶有FAST模塊）的96孔板熒光定量PCR儀。

4、靈活性：大規(guī)模繁忙的實(shí)驗(yàn)室設(shè)備固然讓人羨慕，但是常規(guī)實(shí)驗(yàn)室同樣可以有精彩的選擇?，F(xiàn)在的儀器供應(yīng)商擁有眾多技術(shù)專家，有的還能提供整個(gè)分子生物學(xué)的基礎(chǔ)研究平臺，不但了解、滿足您現(xiàn)在的需求，而且還考慮到了你可能變化的需求——升級和更換模塊。Bio-rad的Mycycler就可以選擇模塊升級為定量PCR儀。ABI的7900可以選擇將96孔槽變?yōu)?/span>384孔槽。像離心式的雙通道的Rotor-gene3000A，就可以根據(jù)您研究的需要升級成四通道的熒光定量PCR儀。Eppendorf公司在這方面考慮的就更加周全，如實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)擁有Mastercycler ep可以按照您的要求升級為Mastercycler ep realplex熒光定量PCR儀，而且可升級的型號有4種：2通道銀質(zhì)、鋁制模塊和4通道銀質(zhì)、鋁制模塊。您可以根據(jù)自己的經(jīng)費(fèi)和實(shí)驗(yàn)需要購買、升級任何一款Mastercycler ep realplex熒光定量PCR儀。